福贡云黄连为东喜马拉雅植物分区的特有种，主要分布在怒江、独龙江流域的高黎贡山、碧罗雪山、担当力卡山，海拔2500—3400米的中高层地段。
云黄连喜高寒冷凉环境，喜阴湿，忌强光直射和高温干燥。福贡县气候垂直变化显著，从南到北有南、中、北亚热带和南温带等气候类型。受印度洋季风气候和太平洋季风气候的双重影响，形成了春季和夏秋间两个雨季的独特气候环境。2004年平均气温16.9℃，年均降雨量1443.3毫米，年日照1479.9小时，相对温度84%，无霜期267天。满足了云黄连的生长需求，是云黄连优生产地。
福贡县由于特殊的地理环境，以及气候、生物、地质、地形等相互作用，形成了福贡土壤垂直分布明显，分别有黄棕壤土、棕壤土、暗棕壤土、棕色暗针叶林土、高山、亚高山灌丛草甸土。农业土壤多为山地黄棕壤土，河谷两岸冲、洪积母质上发育有水稻土。而黄棕壤、棕壤和暗棕壤，剖面厚度90—100厘米，剖面发育好，枯枝落叶层厚为10厘米，分解良好，腐殖质层发达，为沙壤至黏壤，粒状、核粒状结构，土壤理化性能较好，自然肥力高，是最适合云黄连生长的土壤。
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