藏红花大约发源于亚洲西南部至地中海东部沿岸，在现今的伊拉克发现了以藏红花做为绘画颜料绘制于5万年前山洞中关于动物的岩画。后来的闪族人（Sumerians）把藏红花作为一种神奇的急救药品。闪族人没有培植藏红花，他们采集的是野生品种，他们相信是神赋予藏红花神奇的药性。藏红花作为香料在公元前1000年希伯来人的《塔纳赫》（Tanakh）中就有记载。后来在《圣经·雅歌》第4章第14节中也提到一些香草时包括番红花。带有强烈的独特香气和苦味。

　　在地中海东部希腊克里特岛挖掘出米诺斯文明（Minoan Civilization）时期克诺索斯（Knossus或Cnossus）王宫遗址的壁画中，考古学家找到了最早人工栽培藏红花的证据，壁画中描绘出年轻的姑娘和猴子在采摘藏红花。在克里特岛北部不远处的圣托里尼岛（Santorini）即古希腊称为锡拉岛（Thera）上，位于阿克罗蒂里（Akrotiri）的赛斯特三号（Xeste 3）建筑中也发现有关于藏红花的壁画。这些壁画等证据表明至少在公元前1500年的克里特文明时期，人类就开始栽培藏红花并且进行一些藏红花的贸易了。公元前7世纪亚述巴尼拔（Ashurbanipal）时期的亚述人编写的药书中，最早记载了藏红花的药用价值。

　　藏红花在古希腊-古罗马时期（公元前8世纪至公元3世纪）扮演了重要的角色。古希腊把藏红花作为治疗胃肠和肾病的最好药物，同时也被视为一种极高贵的香料。古埃及也用藏红花来治疗胃肠的疾病，据说埃及艳后克利奥帕特拉（Cleopatra）在沐浴时加入藏红花，并用藏红花来化妆以此吸引男性。古希腊与古罗马的显贵出入某些公共场所时也会随身携带一些藏红花，而古罗马著名的暴君尼禄（Nero）在巡行罗马城时，甚至要求在街道上铺满藏红花。罗马人在维纳斯的祭祀仪式时，会喝用藏红花煮的汤。

　　在公元前10世纪的波斯（Persia），藏红花被用来编织在波斯王的地毯和寿衣中。藏红花被波斯人祭拜时作为仪礼供奉给他们的神。波斯人根据藏红花特性来作为金黄色染料、香料、药材、食材等广泛使用。波斯藏红花被溶入有檀香的水中来供人沐浴解乏或清凉去暑。这种用法被亚历山大（Alexander 公元前356年至公元前323年）发扬光大，亚历山大亲自把藏红花洒在洗澡水中。他相信藏红花可以医治病痛，并深信对待藏红花不同的态度有不同的效果。

　　波斯人把藏红花引种到印度的克什米尔。腓尼基人于公元前6世纪开始做克什米尔的藏红花贸易。克什米尔藏红花一度被用做治疗忧郁症，也用做纺织品染料。在释迦牟尼去世后，尸衣也是用藏红花来染制，之后佛门弟子以藏红花为法衣的正式颜色。

　　公元10世纪一本英格兰医书中记载，阿拉伯人约于961年将藏红花移植到西班牙。可能后来藏红花在西欧消失，直至十字军又将其重新引入。西班牙每年10月最后一个星期天，在堂吉诃德（Quixote）大战风车的风车镇（Consuegra）举办“藏红花玫瑰节”作为采收期的结尾，也是全年的最高潮。