《中华人民共和国药典》收集的黄连品种有湖北的味连，四川的雅连，云南的云连，云连在云南的主产地是福贡县，明代兰茂《滇南本草》记载：“滇连，一名云连······功效胜川黄连百倍”。中国最早的医药典籍《神农本草经》将其列为上品。
云黄连含有的小檗碱、黄连碱、药根碱、木兰花碱等大量生物碱，以及阿魏酸、黄柏酮、黄柏内酯等成分，具有抗细菌、抗病毒、消炎利胆、解热健胃、镇静降压、抗胃溃疡、抗肿瘤、降血糖等作用，对幽门螺杆菌有较强的抑制作用，可使胃肠平滑肌兴奋，能健胃消食、扩张血管、保护心肌、纠正心律失常、改善心功能，同时还有降血脂和抗血小板聚集等功效。
福贡云黄连因主要药用有效成分小檗碱含量（6.55—7.24%）明显高于其它黄连，被称为黄连中的“极品”，是福贡县最具独占性的地道药材，为云南省大宗名贵地道药材品种。
云黄连广泛应用于急、慢性肠炎，痢疾、上呼吸道感染、各种痈肿、胆囊炎、烧伤、高血压病、心律失常、充血性心力衰竭、脑卒中、糖尿病，急、慢性肝炎，胃炎、胃溃疡等疾病的治疗。
根据《全国中成药品种目录》统计，以黄连作原料的中成药品种有黄连上清丸、复方黄连素片、加味黄连片等108种。这些云黄连药材远销海外，越来越多的医家研究它，发现其中的药用价值，受到世界认可。
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