滇龙胆草为多年生草本，高30-50厘米。须根肉质。主茎粗壮，发达，有分枝。花枝多数，丛生，直立，坚硬，基部木质化，上部草质，紫色或黄绿色，中空，近圆形，幼时具乳突，老时光滑。无莲座状叶丛；茎生叶多对，下部2-4对小，鳞片形，其余叶卵状矩圆形、倒卵形或卵形，长1.2-4.5厘米，宽0.7-2.2厘米，先端钝圆，基部楔形，边缘略外卷，有乳突或光滑，上面深绿色，下面黄绿色，叶脉1-3条，在下面突起，叶柄边缘具乳突，长5-8毫米。
花多数，簇生枝端呈头状，稀腋生或簇生小枝顶端，被包围于最上部的苞叶状的叶丛中；无花梗；花萼倒锥形，长10-12毫米，萼筒膜质，全缘不开裂，裂片绿色，不整齐，2个大，倒卵状矩圆形或矩圆形，长5-8毫米，先端钝，具小尖头，基部狭缩成爪，中脉明显，3个小，线形或披针形，长2-3.5毫米，先端渐尖，具小尖头，基部不狭缩；花冠蓝紫色或蓝色，冠檐具多数深蓝色斑点，漏斗形或钟形，长2.5-3厘米，裂片宽三角形，长5-5.5毫米，先端具尾尖，全缘或下部边缘有细齿，褶偏斜，三角形，长1-1.5毫米，先端钝，全缘；雄蕊着生冠筒下部，整齐，花丝线状钻形，长14-16毫米，花药矩圆形，长2.5-3毫米；子房线状披针形，长11-13毫米，两端渐狭，柄长8-10毫米，花柱线形，连柱头长2-3毫米，柱头2裂，裂片外卷，线形。 蒴果内藏，椭圆形或椭圆状披针形，长10-12毫米，先端急尖或钝，基部钝，柄长至15毫米；种子黄褐色，有光泽，矩圆形，长0.8-1毫米，表面有蜂窝状网隙。花果期8-12月。
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